| ชื่อบทความ |
Theoretical Study of Peptide Nucleic Acid with (2R,4R)-Prolyl-(1S,2S)-2-Aminocyclobutanecarboxylic Acid Backbone Binding to DNA and Self-Pairing |
| วัน/เดือน/ปี ที่ได้ตอบรับ |
15 มีนาคม 2561 |
| วารสาร |
| ชื่อวารสาร |
Asia-Pacific Journal of Science and Technology |
| มาตรฐานของวารสาร |
TCI |
| หน่วยงานเจ้าของวารสาร |
Khon Kaen University |
| ISBN/ISSN |
2539-6293 |
| ปีที่ |
23 |
| ฉบับที่ |
2 |
| เดือน |
APRIL – JUNE |
| ปี พ.ศ. ที่พิมพ์ |
2561 |
| หน้า |
|
| บทคัดย่อ |
The binding ability of pyrrolidinyl peptide nucleic acid (PNA) binding to its complementary DNA and self-paring has been studied experimentally. However, a detailed understanding of the binding property is still unclear due to the lack of their crystallographic data. In this work, structural and energetic properties of PNA-DNA and PNA-PNA duplexes were studied using molecular dynamics (MD) simulations and quantum calculations. The studied pyrrolidinyl PNA backbone was (2R,4R)-prolyl-(1S,2S)-2-aminocyclobutanecarboxylic acid. MD simulations of three different forms (A–, B– and P–form) were performed in order to investigate the probable duplex conformation. As the results, PNA-PNA duplex exhibited the structural feature between A- and P-type conformations, while PNA-DNA double helix clearly showed the characteristic of B-form. In addition, quantum calculations revealed that the interaction of PNA-DNA duplex was larger than that of PNA-PNA duplex, indicating higher intrinsic stability of PNA-DNA compared to PNA-PNA double strand. This research may lead to a design of PNA for further applications. |
| คำสำคัญ |
Peptide nucleic acid; Molecular dynamics simulation; Quantum calculation |
| ผู้เขียน |
|
| การประเมินบทความ |
มีผู้ประเมินอิสระ |
| สถานภาพการเผยแพร่ |
ได้รับการตอบรับให้ตีพิมพ์ |
| วารสารมีการเผยแพร่ในระดับ |
ชาติ |
| citation |
ไม่มี |
| เป็นส่วนหนึ่งของวิทยานิพนธ์ |
เป็น |
| แนบไฟล์ |
|
| Citation |
0
|
|
|
ข้อมูลการเผยแพร่ผลงาน
การเผยแพร่ในรูปของบทความวารสารทางวิชาการ
English