| ชื่อบทความที่เผยแพร่ |
Genotypic identification of clinical multidrug-resistant
Klebsiella pneumoniae isolates by whole genome
sequencing (WGS) |
| วัน/เดือน/ปี ที่เผยแพร่ |
8 กันยายน 2566 |
| การประชุม |
| ชื่อการประชุม |
Srinagarind Journal Hospital |
| หน่วยงาน/องค์กรที่จัดประชุม |
Faculty of Medicine, Khon Kaen University |
| สถานที่จัดประชุม |
Faculty of Medicine, Khon Kaen University |
| จังหวัด/รัฐ |
Khon Kaen |
| ช่วงวันที่จัดประชุม |
7 กันยายน 2566 |
| ถึง |
8 กันยายน 2566 |
| Proceeding Paper |
| Volume (ปีที่) |
38 |
| Issue (เล่มที่) |
1 |
| หน้าที่พิมพ์ |
23-28 |
| Editors/edition/publisher |
Srinagarind Journal Hospital |
| บทคัดย่อ |
Background and objective: Klebsiella pneumoniae is a common multidrug resistant gram-negative
bacterium basically causing majority of nosocomial infections. Colistin resistant K. pneumoniae has
been posing a matter of a great concern because it is a resort drug treating gram-negative infection.
The aim of this study was to determine genotypic identification of clinical isolates K. pneumoniae.
Methods: Antibiotic susceptibility was determined by broth microdilution method. Whole genome
sequencing was performed on nineteen K. pneumoniae isolates. Three different computational
tools were used for species identification including Kraken2, 16s rRNA, and MLST.
Results: Based on phenotypically, nine of them are resistance to colistin while the other ten are
sensitive to colistin. We found two isolates S9 and S29 that identified as other species rather than
K. pneumoniae. Based on Kraken2 and 16s rRNA, S9 and S29 were identified as K. quasipneumoniae. Unfortunately, we found a non-concordant result between these analysis tools in one isolate.
With Kraken2 and 16s rRNA results, S9 isolate identified as K. quasipneumoniae while MLST identified as K. pneumoniae. Based on phylogenetic analysis, S9 and S29 is actually K. quasipneumoniae
since it is misidentified by MLST and other laboratory methods. Four of nine colistin-resistant
K. pneumoniae isolates (44.44%) were ST147 which is an antimicrobial-resistant high risk
K. pneumoniae.
Conclusions: These results suggested the limitation in routine laboratory methods in identifying K.
pneumoniae and other phylogroups. At the same time, genotyping identification using WGS-based
data highlights it potential in discrimination of these phylogroups of K. pneumoniae. The emerging
of antimicrobial-resistant high-risk K. pneumoniae distribution should be concerned. |
| ผู้เขียน |
|
| การประเมินบทความ (Peer Review) |
มีผู้ประเมินอิสระ |
| มีการเผยแพร่ในระดับ |
ชาติ |
| รูปแบบ Proceeding |
Full paper |
| รูปแบบการนำเสนอ |
Poster |
| เป็นส่วนหนึ่งของวิทยานิพนธ์ |
เป็น |
| ผลงานที่นำเสนอได้รับรางวัล |
ไม่ได้รับรางวัล |
| แนบไฟล์ |
|
| Citation |
0
|
|
|
ข้อมูลการเผยแพร่ผลงาน
การเผยแพร่ในรูปของบทความวารสารทางวิชาการ
English